Τα προβλήματα διατήρησης που θα αντιμετωπιστούν είναι:

 

1. Την μέχρι σήμερα έλλειψη σχεδιασμού για τη διαχείριση της ΖΕΠ, καθώς και μιας ενιαίας προσέγγισης σε ότι αφορά τη διατήρηση ης περιοχής
2. Τη θηρευτική πίεση ειδών εισβολέων όπως ο μαύρος αρουραίος (Rattus rattus) στα αυγά και τους νεοσσούς των ειδών στόχων στις θέσεις αναπαραγωγής τους στις νησίδες της ΖΕΠ.
3. Την πίεση που ασκεί στους τοπικούς πληθυσμούς του αιγαιόγλαρου και του θαλασσοκόρακα, ο Ασημόγλαρος (Larus michahellis), ανθρωπόφιλο είδος που έχει αυξηθεί σημαντικά στην χώρα μας αλλά και στην περιοχή της Άνδρου, τρεφόμενο κυρίως σε ανοικτούς σκουπιδότοπους. Η πίεση αυτή ασκείται τόσο μέσω της θήρευσης των αυγών και νεοσσών των προστατευόμενων ειδών, όσο και εξαιτίας του ανταγωνισμού τους με τον ασημόγλαρο για τροφικούς πόρους.
4. Την έλλειψη επαρκών και κατάλληλων βιοτόπων φωλιάσματος για τα είδη που αναπαράγονται στις νησίδες.
5. Τη μείωση και εγκατάλειψη των παραδοσιακών γεωργικών πρακτικών σε περιθωριακές εκτάσεις και αναβαθμίδες, καθώς και την υποβάθμιση των παράκτιων υγροτόπων της Άνδρου, απειλές  που προκαλούν μείωση στη διαθεσιμότητα των εντόμων και την γενικότερη υποβάθμιση του βιοτόπου τροφοληψίας του μαυροπετρίτη.
6. Την έλλειψη προστασίας και διαχείρισης των περιοχών αναπαραγωγής και τροφοληψίας του σπιζαετού, πρόβλημα που επιτείνεται από τη μειωμένη διαθεσιμότητα των βασικών θηράματων του, της πέρδικας και των περιστεριών.
7. Τη κλιματική αλλαγή που απειλεί τη διαθεσιμότητα τροφής και την ποιότητα των ενδιαιτημάτων τροφοληψίας του μαυροπετρίτη και του σπιζαετού.
8. Την υποβάθμιση της κύριων περιοχών τροφοληψίας των θαλασσοπουλιών, λόγω ανθρώπινων δραστηριοτήτων όπως η παράνομη αλιεία και η ανεξέλεγκτη αγκυροβόληση σκαφών, που οδηγούν σε καταστροφή των λιβαδιών Ποσιδωνίας, με αποτέλεσμα τη μειωμένη ποικιλία και αφθονία των θηραμάτων των θαλασσοπουλιών.
9. Η έλλειψη ενημέρωσης ευαισθητοποίησης του κοινού σχετικά με τις απειλές και τη διατήρηση των ειδών στόχων και των βιοτόπων τους καθώς για τη σημασία του δικτύου Natura 2000, έχει ως αποτέλεσμα την έλλειψη δημόσιας υποστήριξης και συμμετοχής στις δράσεις διατήρηση τους.

 

Οι απειλές και τα προβλήματα που περιγράφηκαν ανωτέρω, θα αντιμετωπιστούν αποτελεσματικά σε μια σειρά δράσεων που υλοποιούνται από την συνεργασία των εταίρων στα πλαίσια του προγράμματος.